Народилася в сімʼї адвокатів Жаклін і Кріса Вотсонів. Названа на честь знайомої родини. Коли Еммі було 5 років, родина переїхала з Парижа до Англії, до графства Оксфордшир. Батьки розлучилися, й Емма стала жити з матірʼю та молодшим братом Алексом. Уже в 6 років вона вирішила, що стане акторкою. У 1998 році вступила до початкової школи Дрейгон в Оксфорді. У школі виконала головні ролі у виставах «Юність Артура», «Щасливий принц» і роль злої куховарки в «Пригодах Аліси в Дивокраї». У 7 років посіла перше місце в шкільному конкурсі читців. Коли Еммі виповнилося 9, керівник драмгуртка з її школи запропонував їй узяти участь у кастингу на роль Герміони у фільмі «Гаррі Поттер і філософський камінь». Емма пройшла кастинг, відтоді її життя нерозривно повʼязалося з Гаррі Поттером. У 2008 році закінчила Гідінґтонську школу для дівчат. Планувала надалі здобувати освіту в університеті, але вагалася у виборі факультету, хоч була не проти вивчати англійську та літературу. Того самого року закінчила літні курси акторської майстерності в Королівській академії театрального мистецтва в Лондоні. У 2009 році вступила до Браунського університету. 25 травня 2014 року закінчила навчання з бакалаврським ступенем з англійської літератури. У 2014 році в інтерв’ю на «Шоу Елен Дедженерес» Вотсон повідомила, що їй знадобилося пʼять років, щоби здобути ступінь, а не чотири, тому що через акторську роботу вона додатково «взяла два повні семестри».