Более сплочённый сезон и является одной большой историей, как Человек-паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (гигантского настоящего паука), он терял силы и его структуры клетки постоянно менялись, уже давно ему было ясно, что он — мутант. Также в этом сезоне у Паука появляются союзники — представители из других вселенных Марвел: Люди Икс, Блейд и Каратель (который сначала являлся противником). Пауку стало труднее — его злейшие враги объединились и под руководством Амбала взяли название Коварная Шестёрка.