Em 2015 a humanidade enfrenta a maior ameaça de sempre: uns seres misteriosos, chamados Anjos, que semeiam o pânico e a destruição por onde passam. Ninguém conhece a sua origem nem os seus motivos. Com o intuito de deter esta ameaça fatal as Nações Unidas encarregaram a organização secreta Nerv de criar uns andróides gigantescos, os Evangelions. É a batalha final entre a raça humana e os Anjos.